La enseñanza concertada tiene problemas en las ciudades autónomas de Ceuta y Melilla, que están bajo la gestión directa del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte. Según denuncia Escuelas Católicas, la planificación administrativa de la nueva FP Básica es unilateral y no hay ningún centro concertado autorizado para impartir este ciclo fruto de la LOMCE, afirma el portavoz de Concertados, José María Alvira, una plataforma integrada por Escuelas Católicas, la Confederación Española de Centros de Enseñanza (CECE), la Confederación Católica de Padres de Alumnos (CONCAPA) y la Confederación de familias y Padres de Alumnos (COFAPA).
Sin embargo, donde tienen en el problema más importante es determinadas comunidades, en concreto en las que gobierna el PSOE con el apoyo de Podemos. En estas afirma que la enseñanza concertada se siente amenazada tras la aprobación de recortes en la financiación a estos centros educativos en los presupuestos, la prohibición de la cuota voluntaria que aportan las familias, la reducción de unidades a mitad de curso, el veto a la oferta de vacantes fuera del proceso de admisiones o la exclusión de sus alumnos de las ayudas para transporte y comedor.
