En 1690 año el Gobernador mandó fusilar a un reo; ignorándose los motivos.
24.02.1690.- Nace en Melilla Antonio Delgado, que profesa en el Convento de los Hermanos de San Juan de Dios en Granada con el nombre de Fray Juan de Cobaleda, de la O. H., llegando a alcanzar el título de Rvdmo. Padre General de la Orden de San Juan de Dios. Murió en Málaga. En los años 1691 y 1692, no hubo ningún muerto por acción enemiga.
2.01.1691. Licenciado Diego Piqueras, Cura.
1692.- Fray Bartolomé de Torrentera. Este fraile, el 14.06.1693, era Religioso de Nuestro Padre San Francisco, Cura de esta Iglesia.
24.03.1692. D. Antonio de Zúñiga y de la Cerda es nombrado Gobernador.
Este tuvo que sufrir, en los años 1694 y 1695, dos sitios en los que los moros emplearon en sus ataques minas, perdiéndose los fuertes de Santo Tomás de la Cantera y San Pedro de la Albarrada.
2.04.1693. Pedro Valenzuela, murió de un mosquetazo de los moros.
3.06.1693. Bautista Rubio, muere de una puñalada.
10.06.1693.- El Vicario Fray Francisco Gallardo, prohíbe salir de la Iglesia al Capitán Antón González, amenazándole con excomunión mayor si relataba la deposición hecha por Mateo González, procesado.
1694. Solo hubo un muerto en acción de guerra.
1694-1718.- VII Libro de Bautismos. (Lisardo Guede, Archivero de la Iglesia Catedral de Málaga).
15.04.1694.- En nombre del Ilmo. Sr. Obispo de Málaga, visitó esta Parroquia el Doctor D. Juan Bullón, Visitador de los Presidios de África.
29.09.1694.- Fray Bartolomé de Torrenteras, Religioso de la Observancia de Ntro. Padre San Francisco, Cura de esta Sta. Iglesia, Concepción de Ntra. Sra. en estas partes de África, Predicador, Administrador del Hospital Real de dicha Fuerza, Comisario del Santo Oficio y de la Cruzada.
1694.- Vicario General de Melilla el Muy Rvdo. Padre Fray Francisco Palomares.
1695.- Fray Luís Acuña, O. H., presente en Melilla. Rvdo. Padre Fray Andrés Díaz Mateos, Dominico, segundo sacerdote nacido en el Presidio de Melilla, el 28.07.1695. Hijo de D. Nicolás Díaz, Capitán y de Dª Francisca Mateos. Falleció en Melilla, el 16.07.1736, a los cuarenta años de edad, faltándole 12 días para cumplir los 41.
24.01.1695.- Nació en Melilla, Juan Antonio de Estrada y Paredes, siendo bautizado en la Iglesia de Ntra. Sra. de la Concepción, en este día.
2.08.1695.- Fray Luís Acuña, O. H., fallecido en Ceuta. Hermanos en las Armadas Españolas.
3.09.1695. Juan Romera muere de un balazo de los moros, mientras se encontraba en las murallas de la Plaza. En total hubo 16 muertos en todo ese año.
9.10.1695.- Fray Martín de la Escalera, Hermano de San Juan de Dios.
Cirujano en el Hospital de San Francisco de Asís de la Plaza de Melilla. Fue enterrado en el atrio de la Iglesia.
9.10.1695.- Fray Martín de la Escalera, Orden de San Juan de Dios, Cirujano de la Plaza. Enterrado en el atrio de la Santa Iglesia; murió en su casa, de su enfermedad. (Libro de Defunción).
12.11.1695.- Fray Martín de la Escalera, O. H. Cirujano. Fallecido en el Presidio de Alhucemas.
16.11.1.695. Este mes fue uno de los más trágicos de la Ciudadela, falleciendo 16 hombres, ya que se recrudecieron los enfrentamientos y se efectuaron varias salidas para aniquilar los ataques enemigos. Junto a la empalizada de Santo Tomás de la Cantera murieron, victimas de la fusilería enemiga, los defensores Francisco Reina, Francisco Gutiérrez, Juan Ibáñez y José de Espinosa. Sus cuerpos tuvieron que ser abandonados por sus compañeros a merced del enemigo. José de Cachiprieto recibió una puñalada mortal en el campo por el enemigo causándole la muerte. La dureza del asedio se hace evidente en acciones cotidianas como ir a recoger material combustible para la plaza. Francisco Cabello, Cabo de la Escuadra, murió al salir con sus hombres en la falúa de la Plaza a la Punta de la Sabanilla a abastecer de tochas (ladrillos). Mientras la recogían de tierra, fueron asaltados por los enemigos, teniendo que regresar apresuradamente a la Plaza sin poder recoger el cuerpo en la embarcación, al tiempo que los otros dos, en tierra, se tiraron al mar al encuentro de la embarcación y en su precipitada huida sus compañeros no pudieron auxiliarles y murieron ahogados. Para proteger el embarcadero de la Marina se construyó un pequeño fuerte triangular llamado San Antonio de la Marina, disponía de una pequeña batería con cañoneras que flanqueaban y defendían los desembarcos del Puerto. Fue perfeccionado en 1.711.
